La parte más alta de Hacienda Barú fue primera la finca de Rafael Céspedes a mitad de los años cuarenta y, en 1951, fue vendida a Rafael Cruz. Don Rafael además compró las partes bajas de Tobías Rojas y Ramón “Moncho” Sandoval uniendo las tres secciones en lo que es considerado hoy día Hacienda Barú. El utilizó esos terrenos principalmente para la cría de ganado tanto por su carne como su leche. Cuando el compró la propiedad, la mayoría de la parte baja todavía se encontraba boscosa, pero durante el tiempo que él fue dueño de la propiedad, mucho de lo que era jungla fue deforestado y convertido en pasto. Restos y pedazos de un sistema viejo de enfriamiento que trajo para procesar la leche pueden ser encontrados ahí hoy. El instaló el tanque de almacenamiento de agua todavía en uso en la vieja hacienda y construyó el sistema pluvial que ha sido completamente reconstruido para suplir de agua al área alrededor de las cabinas. El tenía una casa y un corral, los cuales ya no existen más.

La última vez que un jaguar fue reportado en la hacienda fue a finales de los años cincuenta cuando Rafael Cruz era el propietario. Se había reportado que el gran felino mató a un perro propiedad de Manuel Ángel Sánchez, el capataz de la finca en esa época.

Fue a principios de los años sesenta que el gobierno mejoró el sendero que es ahora el camino hacia Quepos. El estanque que se encuentra en la parte baja de Hacienda Barú entre la vieja hacienda, La Casona, y el río Barú fue excavado por el equipo de construcción del camino para obtener la roca y la grava para formar la base que formaría parte de la carretera. Después de que el hueco se llenó con agua, se convirtió en el ahora hogar de caimanes, de ranas, sapos, aves de agua e insectos.

Después de Rafael Cruz, el próximo dueño fue Ishmael Mata, quien permaneció por un breve período de tiempo. El taló más bosque, principalmente en la ladera sobre lo que hoy es la hacienda, a través de ella y en el río, con el fin de plantar pasto. El luego vendió la finca a una dama conocida sólo como Doña Rosalía quien nunca vivió allí y no realizó ningún cambio durante el corto periodo que fue la dueña.

El próximo dueño fue un piloto de LACSA, Theorico Zamora quién la compró a finales de los años sesenta. “Toco” Zamora, como fue conocido, también crió ganado en la propiedad hasta su muerte. Su viuda, Ana María Acosta entonces ofreció la hacienda a la venta. La Casona fue construida durante la época de “Don Toco” en el mismo lugar donde se encuentra hoy día. No más bosque fue talado durante este periodo y sólo el pasto que ya existía era utilizado para el ganado. La parte de la hacienda donde la teca es plantada hoy era sembrada para árboles de fruta guanábana y hoy día es referida como el lote de guanábana por los veteranos del lugar.

Jack Ewing visitó por primera vez Hacienda Barú en Febrero de 1972 por un pedido de un grupo de inversionistas de Tennessee. En su recomendación, ellos compraron la propiedad y lo arrendaron a un empleado de Jack para el engorde de carne de ganado. Ellos mantuvieron cerca de 150 cabezas de ganado hasta 1976 y pusieron a Jack a cargo de su cuidado, obligándolo a visitar el lugar por lo menos una vez por mes. En enero de 1976, Jack abandonó su anterior empleo y empezó a trabajar directamente con los propietarios de la hacienda. Dos años después, él se hizo socio en la posesión de la propiedad. Desde 1976, cuando él se convirtió en empleado directo de Hacienda Barú, la caza había sido prohibida.

En el momento de la compra, un ocupante ilegal estaba presente en la parte alta de la propiedad. Jack llegó a un acuerdo con él, quien la abandonó tranquilamente después de haber cortado y quemado cerca de 30 acres de bosque primario. Esa tierra ha sido regenerada a bosque secundario e incluye el campamento en la jungla en el presente. El área alrededor del campamento se ha mantenida relativamente abierta para facilitar la observación de pájaros, pero partes del área han sido regeneradas a un impresionante bosque secundario. La observación del proceso de regeneración en el transcurso de los años ha sido bastante interesante y continúa siéndolo.

En 1976, cerca del 50% del bosque lluvioso fue selectivamente talado. Aunque algunos de los árboles más grandes fueron removidos, la jungla no fue cortada y la tala fue restringida a un árbol por cada dos acres. Los árboles más viejos, que son ecológicamente muy importantes como sitios de anidación, no fueron talados porque muchos de ellos eran huecos y no tenían valor comercial. Rastros de algunos de los caminos que fueron cortados de forma agreste en el bosque para remover los troncos pueden observarse todavía actualmente. Casi ninguno de los troncos está todavía visible y, en la mayoría de los lugares, la tala de bosque selectiva es indistinguible desde el bosque primario. Es interesante observar que capacidad de recuperación puede tener el bosque lluvioso ante tal impacto. Afortunadamente, los suelos en Costa Rica son ricos en nutrientes de origen volcánico por lo que permiten una rápida recuperación del follaje en muchas áreas.
Desde el tiempo de Ishmael Mata hasta el año de 1979 la ladera entre la entrada de la vieja hacienda y el río Barú fue pasto para el ganado. En aquel año, Jack decidió regresar a la jungla y eliminó la corta de malezas y el pasto de ganado allí. La vasta ribera de sembradío en el resto del bosque tropical húmedo de la reserva contribuyó a la rápida regeneración de la vegetación en la ladera. Ha sido un área que muchos biólogos encuentran fascinante ya que esta transición despliega los secretos del renacer del bosque lluvioso. Al estar tan cerca del suelo y más espeso que muchos bosques maduros, esta sección alberga una gran diversidad de flora y fauna mucha de la cual puede ser observada desde la calle principal. Hay además un sendero auto guiado que pasa a través de ella, donde los huéspedes de Hacienda Barú pueden visitar por su cuenta.
En 1978 la esposa de Jack, Diane y sus dos hijos, Natalie y Chris, se mudaron a la hacienda para vivir. Ellos remodelaron la casa para hacerla más confortable para que una familia pueda vivir. La electricidad no llegó al área hasta 1986 y ellos usaron gas de butano y kerosén para sus necesidades de refrigeración y de iluminación. Las baterías de los focos fueron siempre un elemento indispensable en la lista de compras. Los niños fueron educados en las escuelas públicas locales con una educación suplementaria de cursos por correspondencia. Luego, ellos regresaron a los Estados Unidos para completar la secundaria.

Entre 1978 y 1982, Jack experimentó el cultivo de arroz, frijoles de soya y sorgo en la finca, pero ninguna de esas actividades resultaron ser muy rentables. Cerca de 20 acres de cacao fueron sembrados entre 1980 y 1983. El cacao, un cultivo que no requiere de químicos, es usado para producir chocolate. Fue bastante rentable, pero en 1986 el precio bajó tanto que las plantaciones tuvieron que ser abandonadas. Hoy día, pertenecen a los monos, ardillas, cuatíes y agutíes.

A principios de los años ochentas, la Hacienda se preparó para el desarrollo. Un estudio de uso de suelos fue realizado en la porción más baja de la propiedad y un plan regulatorio fue aprobado por todas las autoridades competentes. La planificación de las zonas de Hacienda Barú, la cual fue orientada de forma ecológica, fue utilizada como un modelo para otros planes en distintos lugares. Los canales fueron cortados cercanos al océano para complementar el drenaje natural para la zona del hotel. Una vez que todo estaba en su lugar  para empezar el desarrollo a finales de los años ochenta, los antiguos socios del Sr. Ewing decidieron vender y todas las operaciones fueron puestas en espera.

Durante este tiempo Jack y Diane comenzaron a ofrecer tours en las tierras bajas y en la jungla y construyeron la primera de dos cabinas. Ellos incluso construyeron un campamento en la jungla para los tours nocturnos. En 1992, Steve Stroud llegó a Costa Rica y compró las acciones de los antiguos socios del Sr. Ewing con la condición de que el Sr. Ewing se quedara y que Hacienda Barú cambiara sus operaciones al Ecoturismo. Muy pronto después de la llegada de Steve, la escalada al árbol, la Plataforma de Observación del Dosel, y cuatro nuevas cabinas fueron añadidas a las dos existentes en uso en la Hacienda Barú.

En la actualidad, Jack y Steve han trabajado exitosamente para hacer de Hacienda Barú declarado como Refugio Nacional de Vida Silvestre por el Presidente de Costa Rica en la recomendación del Ministro de Ambiente y Energía. Un corredor de aproximadamente 40 hectáreas (100 acres) está siendo reforestado para unir todas las áreas de bosques en las partes bajas y el gran bosque húmedo de las partes más altas. Un acuerdo ha sido logrado con el departamento encargado de la autopista para crear un puente y un sistema de túnel para que permita el paso irrestricto de animales sobre y debajo de la autopista costanera. Otro frente de trabajo está siendo realizado para unir Hacienda Barú y los bosques aledaños en un gran corredor ecológico que abarcará la sierra costanera conectando los bosques en la Península de Osa con el Parque Nacional Manuel Antonio cerca de Quepos. Este proyecto es llamado El Sendero del Corredor Biológico del Tapir después de que este gran terreno era el principal hogar de estos mamíferos en América Central y que una vez deambularon allí y que ya no son encontrados más en esta área. El sueño es que los Tapires de Baird puedan algún día regresar a esta zona que lleva su nombre. Otro corredor que pasa por la cuenca del Río Savegre que entonces conectará con el Sendero del Tapir a la gran Reserva Forestal de Los Santos y el inmenso Parque Internacional La Amistad creando de este modo un corredor ecológico interoceánico. Todos estos corredores serán enlazados en un corredor internacional llamado el Corredor Biológico Mesoamericano.

Hacienda Barú se dedica la conservación local y a la educación. La mayoría del personal es local y los seminarios de entrenamiento para guías son frecuentemente realizados por los guías de la hacienda. Charlas sobre las operaciones y filosofía en la Hacienda y viajes gratuitos a la jungla para grupos escolares cercanos son parte del programa de educación ambiental. El futuro de la conservación depende de los niños de escuela quienes serán los líderes de la siguiente generación, y es muy esencial que estemos en contacto con ellos a temprana edad.

El Refugio Nacional de Vida Silvestre Hacienda Barú es financiado principalmente por el turismo ecológico que incluye las tarifas de los senderos, tours guiados, hospedaje, alimentación y venta de artesanías. Las donaciones son dirigidas por una asociación conservacionista sin fines de lucro, ASANA, la cual se encarga del Sendero del Corredor Biológico del Tapir y está autorizada para recibir donaciones y asistencia del gobierno.