A lo largo de la costa Pacífica entre el Río Térraba y el Río Savegre hay 16 estuarios de manglar. Hay sólo tres lugares, todos refugios de vida silvestre, donde la vegetación natural forma un corredor que permite que la vida silvestre pase libremente ente el manglar en las desembocaduras de los ríos, pequeñas áreas de bosque de tierra baja, y los bosques húmedos de la sierra costanera. En el Refugio Nacional de Vida Silvestre de Hacienda Barú hay cinco corredores biológicos internos entre la playa y la jungla de la parte alta.

Es uno de los pocos lugares en Costa Rica donde es posible observar una paca desde su auto, ver una tropa de monos capuchinos de frente blanco de rama a rama al cruzar sobre el camino, o encontrar pecaríes de collar blanco cerca de la playa.

Hacienda Barú es un enlace esencial en el Sendero del Corredor Biológico del Tapir. Cuando se complete su senda natural, conectará el vasto sistema de manglares del Río Térraba con la cuenca del Río Savegre por un camino de un gran cinturón de bosques protegidos permitiendo así un pasadizo natural de vida silvestre, similar al de muchos años atrás. Hacienda Barú es un núcleo bien conservado que sirve como campo de cosecha y un terreno de cría para vida silvestre la cual repoblará los bosques secundarios que conforman los eslabones perdidos en el corredor.

Hacienda Barú proporciona un saludable ecosistema con muchos predadores poco conocidos como el ocelote, el marguay, jaguarundí, tyra, grisón entre otros. La existencia de estos carnívoros representa un signo de balance natural. Ellos conforman un escalón superior de la cadena alimenticia y no puede continuar existiendo si el sistema no está completo. Estos predadores están perdidos de muchas áreas protegidas muy conocidas como el Parque Nacional Manuel Antonio, por ejemplo, debido al aislamiento de otras áreas silvestres.

El ara macao desapareció de esta área a finales de los años sesenta como resultado de la caza excesiva, deforestación de viejos bosques que proporcionaban sitios de anidación y un marcado decrecimiento del árbol de almendro de la india de las playas. En cualquier parte que las personas se mudan a la costa del mar la primera actividad que parecen hacer es destruir los árboles de almendro y plantar palmas de coco. En las costas donde hay una base gruesa natural de almendros con un vivero voluntario saludable de árboles jóvenes debajo, la playa siempre permanece intacta. La gruesa enredadera de raíces mantiene la arena en un lugar formando una barrera natural a la acción del fuerte oleaje durante los periodos de tormenta. Hay un mínimo de erosión en el terreno entre la playa y la tierra firme. En contraste, donde las palmas de coco han sido plantadas las olas lavan la arena entre los árboles y debajo de la planta de las raíces de la palma causando su caída.

Este es el caso de muchas de las playas desarrolladas de la zona. Cada año, el mar se adentra cada vez más a la línea de la playa. El Refugio Nacional de Vida Silvestre Hacienda Barú es una de las pocas áreas a lo largo de la costa entre los ríos Térraba y Savegre donde largas extensiones de almendros pueden ser encontrados. Las semillas de este árbol, a pesar de que son muy pequeñas para tener algún valor comercial, forman parte importante de la dieta de los ara macaos como también de las ardillas, monos capuchinos, y muchas especies de loros y pericos.

Hacienda Barú ha proporcionado total protección a 50 acres de estuario de manglar localizado en la desembocadura del Río Barú. A mitad de los años ochenta, cuando el área de la hacienda fue demarcada, le fue otorgado el primer contrato en la historia de Costa Rica donde el gobierno arrendó un pantano de manglar a una compañía privada con el propósito de conservarlo. Ningún tipo de construcción ha sido permitido en la franja de tierra entre el manglar y la playa. Los 50 acres de estuario están conformados de seis especies de manglar, dos especies de caña y un número de plantas más pequeñas de pantano. Está incluido también un arbusto conocido localmente como barbasco (Philantus acuminatus), el cual se muestra como una gran promesa como una posible cura del cáncer.

Hacienda Barú ha mantenido un registro diario de lluvia desde 1981. En 1990, el Instituto Meteorológico de Costa Rica lo reconoció como una estación climática oficial e instaló un indicador más sofisticado de lluvia así como termómetros para registrar los altos y bajos diarios de la temperatura. El año más lluvioso durante este tiempo fue en 1988 con 6018 mm de lluvia. El más seco con menos de la mitad de esa cantidad fue en 1997 con sólo 2621 mm. El promedio anual de precipitación durante este período de 25 años fue de 4344 mm. (14 pies). La temperatura más baja registrada desde 1990 fue de 69.8 grados Fahrenheit y el más alto fue de 95.9 grados. El mes más frío por lo general es Diciembre y Marzo el más caliente.